Le varie zone di fitodepurazione vengono normalmente vegetate con differenti specie vegetali in base alla loro funzione ecologica.

Lungo dossi, argini e cigli di sponda vengono piantumate specie arboree e arbustive resistenti a periodi di sommersione ma che non abbisognino di troppa acqua in periodi di carenza e con funzione stabilizzante e consolidante il pendio. Nel prato di espansione vengono seminate essenze erbacee di vario tipo e comunque tipiche di ambienti palustri, poco invasive e interessanti dal punto di vista della loro fioritura. Ai bordi del laghetto di sedimentazione vengono piantumate e seminate piante palustri ornamentali come Iris pseudacorus (Iris giallo), Calla palustris (calla), Petasites hybridus (farfaraccio maggiore), Lysimachia vulgaris (lisimachia), ma anche specie come Scirpus sylvaticus (lisca dei prati), Lythrum salicaria (salcerella) e Typha minor (mazzasorda minore).

Negli arginelli sinuosi, dove avviene la vera e propria fitodepurazione, vengono collocate piante con capacità depuranti come salice, carice, cannuccia palustre e giunco adatte a vivere in condizioni di umidità elevata.

In altre zone interne al bacino, non interessate dal transito dell’acqua in condizioni di regime normale, vengono realizzati ambienti naturaliformi che aumentano la complessità biologica e la gradevolezza estetica del sistema. In queste aree possono essere realizzate macchie boscate nelle quali la vegetazione arborea è costituita da individui di acero campestre, pioppo bianco, ontano nero, salice bianco, olmo campestre, gelso, bagolaro, mentre quella arbustiva annovera specie come biancospino, nocciolo, sanguinella, prugnolo, frangola, evonimo, fusaggine, pallon di maggio, salici. L’impianto prevede la messa a dimora secondo una distribuzione che, pur nella casualità, tenga conto dello sviluppo e del diverso ingombro delle specie allo stato adulto; i filari delle piante arboree sono realizzati con andamento sinuoso per accentuare il carattere di naturalità; gli arbusti saranno intercalati lungo la fila, per garantire comunque un’accettabile praticabilità con le macchine operatrici.